神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
故事讲述的是一名叫“叶麟”的二十八中男生被同班的女生欺负和反欺负的故事。这些女生中有来自小时候欺负他的青梅竹马、有被视为正义魔人的班长、有胆小害羞患有“被迫害妄想症”的白富美学习委员、有身材健美四肢发达但头脑简单的学习委员、有极度腹黑冷血的文艺委员、还有个同母异父的混血妹妹，在这样一群女孩子的夹攻中，男主角如何能独善其身，不被女孩子欺负呢？
小咖与神奇的咖宝团队一直守护着大自然与城市安全，拯救各种危机。新一季中，他们将迎来更多挑战，捣蛋家族胡乱使用科技装备，制造如失重漂浮、狂风暴雪、沙尘危害、流星坠落等破坏事件。作为城市小卫士，小咖带领咖宝们勇敢出击，消除险况。
第一次见面，秦凌把诸葛云乐的衣服扒了，穿在自己身上，悠哉悠哉回了家。第二次见面，秦凌把自己的衣服一件件脱下来，“你走不走，不走我喊非礼了啊！” 第三次见面，秦凌笑嘻嘻对他说：“脱衣服这种事，一回生二回熟嘛，来来来！” 诸葛云乐表示，他从未见过如此厚颜无耻的女子。但是，突然好喜欢她，怎么办？
雨季降至，为了避免塌方，熊大（张伟 配音）带领着动物们开始加固堤坝，然而，动物们对此很不上心，偷懒的偷懒，逃避的逃避，令熊大很是生气。一场意外中，泥石流袭来，熊大被冲走了，当它醒来之时，发现自己竟然身处一间马戏团之中。熊大利用自己的实力获得了留在马戏团里表演的资格，并且很快就成为了当红的动物明星。 随着时间的推移，被名声和荣誉冲昏了头脑的熊大渐渐忘记了想要回到森林之中的念头，他和马戏团团长黑猩猩亦产生了心心相惜的友谊。熊二（张秉君 配音）找到了熊大，希望熊大能够跟它回家，因为森林里的动物们一个接着一个神秘失踪了，然而熊大却拒绝了熊二的请求，继续做着它的明星梦。
虽然因车祸失去右手和右腿，但是北鸣并没有对生活失去信念，在路遇小混混为爱出头之后，北鸣身受重伤，在医院醒来的他，却突然发现身边出现了一只凶残且热爱装的狗妖。北鸣不光站了起来，还拥有了强大的力量，就在北鸣得意的时候，一场巨大的危机也正在慢慢的向他逼近。
