神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
娆疆一行归来，李嗣源已称监国，借天子之名四处绞杀不良人，而身为天子的李星云也即将面临一个新的选择……
男主角王小修，是个普通的大学生，他暗恋同学沈瑶却不敢表白，意外得知女神对自己的好感后，被坏人盯上，然而当自己在桥上面对胁迫时，反击并沉入河水，意外获得宇宙终极系统...
红小豆是一颗梦想着被吃掉的红豆，灵魂伴侣是一颗只会废柴技能的珍珠李建勋，还有毫无存在感的芦荟Anthony，会变大变小变漂亮的枸杞赵建国…… 红小豆每天都会在各种甜点、食品上“工作”，有时在红豆冰上堆雪人，有时在豆沙包里看电视，有时和建勋在珍珠奶茶里“海底探险”……它工作的时候总是遇到很有趣的事情，也和同事们聊聊豆生，尽管红小豆一直没有实现被吃掉的梦想，但是并不妨碍它在自己的世界里自得其乐，是个淡定的哲学家。
原本过着平凡校园生活的哈小浪和其余十一星狗小伙伴等人，在一次时空怀表破裂时，被吸入了不同的时空裂缝中。他们分别来到了远古时代、沙漠金字塔和冰河时期等不同时代空间进行冒险。在冒险中，哈小浪与伙伴们意外获得了神秘力量——“星魂之力”，因此拥有了超强的超能力。他们通过不断穿梭异空间，最终来到充满科技与魔法的“星狗未来城”。在这里他们遇到了老朋友“狗哥”，并得知此时的“星狗未来城”，出现了一群会“黑魔法”的邪恶魔法师，邪恶魔法师想要复活大魔王来统治整个星球。哈小浪和伙伴们决定去阻止大魔王复活，因此他们进入魔法学院学习，并且不断冒险来提高他们的超能力，但无奈最终大魔王还是复活了，哈小浪携手伙伴们不畏困难迎战大魔王，因此展开了精彩纷呈的守护时空战。
某小学五年级学生赵新新是个武侠迷，没事喜欢露两把刷子，不过他很不爱讲卫生，某天就因吃了脏东西闹肚子疼。站在公交车上捂着肚子回家时，赵新新做好事掏钱为一位咳嗽不止的老爷爷找了个座位，因此和这位自称怪老头的老爷爷认识，几句交谈，赵 新新感受到了怪老头的神奇。尔后，怪老头带赵新新来到他的家，一番表演又把赵新新看得目瞪口呆，突然，怪老头要赵新新吞下两只小鸟，好消灭他肚子里作怪的蛔虫，赵新新被吓个半死。
