三位小魔仙希雅、海昕和夏凡在化解了海萤堡的灾难后，回到人类世界-悦悠岛，成为了海洋保育馆的见习保育员。在保育馆的见习生活中，她们学习了解到各种海洋知识，并积极参与到救助海洋生物的行动中。 然而，一个自称“铁鹰战队”的神秘团队突然造访悦悠岛，利用各种高科技装备，四处捕捉各种海洋生物。这一切原来是精于制造各种机器的幻仲博士在幕后指使的，希雅、海昕、夏凡三人随即用魔仙力量与之展开一场保护海洋生物的战斗……
本来应该已经被打败的虫族们，却没想到虫王带着虫族们以更强的能力席卷而来，再次来到地球搞破坏和掠夺地球的资源，变形联盟带着地球特勤队提供的新机体，再次与虫族展开战斗，粉碎虫族的阴谋，守护地球与人类的和平。虫族败退后，变形联盟与普尔达再次围绕基因石的归属展开争夺战，虽然普尔达以微弱优势取胜，但歼灭者却突然发动叛变，抢走基因石头让歼灭者变得更强大，变形联盟完全不是对手。歼灭者企图以绝对力量称霸宇宙，在巨大的威胁面前，普力士、普尔达、普奇威父子三人冰释前嫌，首度联手，加上其他同伴的力量，所有人一起向歼灭者展开最后的激战，并成功获胜，再次守护了宇宙的和平。
魅惑众生的九尾狐狸？吸人精气的合欢树妖？道家妹子求双修，仙家女神表示滚远点。游走在这些危险分子中间可不是容易的事情。但为了世界和平，少年封夕豁出去啦！
阿斯嘉特大战已经过去五年，世界在金蝰蛇和“东安联”的支配下，维持着虚假而脆弱的和平。瑞为了复活赫雅重现商都，试图找到被金蝰蛇集团独吞的“圣柜线索”。然而一个与II型文明息息相关的神秘组织“黄昏使者”，早已经盯上了圣柜和瑞......
