大虾夷农业高等学校（通称：虾夷农高）是一所坐落于北海道的农业高中，校内学生多为以将从事农业当作目标的农家子女。这所拥有在全日本所有高中中最多的占地面积，被北海道壮丽的大自然和乡村风情环抱的虾夷农高，在新学年里迎来了一位特殊的学生——八轩勇吾。这位来自城市、毕业于升学初中的文弱学生，因发现在一年级的同学中只有他自己找不到明确的人生目标而开始焦躁不安。自此，写作“就读于农高的每一天”、读作“在青春岁月中找寻自己的梦想”的八轩勇吾的高中生活开始了。
顺利升入高中的少年富樫勇太（福山润 配音）在初中时代曾是暗黑系的中二病患者，当年他自称黑炎之主人，自我感觉良好地度过了无厘头的中学生活。但是此刻他“痛改前非”，将这段经历看作不堪回首的耻辱过去，为此甚至不惜报考一个离家很远没有人认识自己的高中。在新的学校，勇太如愿以偿结 交了一色诚（保志总一朗 配音）、丹生谷森夏（赤崎千夏 配音）以及学姐五月七日茴香（浅仓幸美 配音）这样稍显正常的朋友，也准备和心仪的女孩大谈一场浪漫恋爱。但是令他备为挠头的是，楼上新搬来的住户兼同班同学小鸟游六花（内田真礼 配音）却是一个中二病的深度患者。小女孩每天唧唧歪歪，怪力乱神。好不容易摆脱初中阴影的勇太，高中恋爱之梦日渐飘渺……
主人公朝仓陆有一天入手了了捷德升华器与奥特胶囊，得到了FUSION RISE(融合上升)变身成捷德奥特曼的力量。与此同时也知道自己继承了堕入邪恶的黑暗巨人贝利亚奥特曼的遗传基因。自己作为在地球长大的普通年轻人，知道了自己其实是贝利亚的儿子。捷德奥特曼，也就是朝仓陆的命运发生了巨大变化。 新的光之巨人！Ultraman Geed奥特曼捷德，诞生！命运，做好觉悟吧。 变身捷德的青年——朝仓陆(饰演：宾田龙臣)，使用神秘的道具Geed Riser及2个蕴藏著奥特曼力量的奥特胶囊Fusion Rise(融合)变身！ 陆性格勇敢，为了成为憧景的「英雄」而全力对抗邪恶。 冲击的事实…人类同伴的基德是继承那个邪恶的奥特曼贝利亚基因的儿子！！ 身上红与黑的配色、尖起的眼睛、胸口利爪的花纹…虽然外貌都有著与贝利亚相似的特征，但是基德是渴望和平及正义的战士。
1614年，德川家康73岁，年迈的他必须在两个儿子之间为他的将军之位选一名继承人。难以决断的德川家康将决定的权利交给当时势均力敌的两大忍术宗家，它们分别是甲贺流和伊贺流。在前人服部半藏的调解下，曾经水火不容的两家签下了“不战条约”，但在权利和政治的挑拨之下，条约被撕毁了。 两家各派出十名忍者，他们要相互残杀直至仅剩一方幸存，而幸存方所支持的对象即可成为下一代将军。其中，甲贺流的头领甲贺玄之介（鸟海浩辅 配音）与伊贺流的头领胧（水树奈奈 配音）在战前曾经是两情相悦的恋人，与此同时，甲贺流与伊贺流的一些成员之间也有着复杂的感情纠葛。但是此时此刻，仿佛被丝线牵引的人偶，他们必须摒弃所有的感情，展开一场血腥残酷的厮杀。
在从便利商店回家的路上，突然被异世界召唤的少年菜月昴。在无法依靠任何东西的异世界，无力的少年手唯一的力量……那是“死去然后重新开始”的力量。为了守护最重要的人们，为了取回确实存在着又无可替代的时间，少年抗拒着绝望，勇敢地面对着残酷的命运。（本次新编集版在第一季动画基础上追加新场景，以2话合并成1话的形式制作成单集时长1小时的特别篇）
