近導ユウユは江端トウヤに敗れ、 チームブラックアウトの象徴ともいえる旗を燃やされてしまう。 呆然とするユウユたちの前にリーダーの桃山ダンジが戻り、 トウヤとのヴァンガードファイトに挑み、見事勝利する。 仲間たちがトウヤに罵声を浴びせる中、ダンジはチーム離脱を宣言。 さらに次のリーダーとしてトウヤを指名し、メンバーに衝撃が走る。 一方、惣川ハルカに率いられたチームデイブレイクの 名の下に旗狩りを続けるマサノリとシノブ。 そして、謎の少女・御薬袋ミレイ。 ユウユたちを待ち受けるものとは── 。
一早就前来诱惑的朱乃、急速接近的小猫、以及越来越积极的爱莎，莉雅丝对3人燃起了对抗心。处在过激争夺战中心的一诚，尽情享受着幸福的色情生活。 在享受平稳日常的另一方面，超自然研究部成员也逐步准备着与巴力家的排名游戏，以及一诚等人的修学旅行。 修学旅行的目的地，是存在着不同神话体系的京都。一诚等人对观光充满期待，但他们刚一到达就被卷入了祸之团一派与栖息于古都的妖怪们之间的纠纷。一诚为了守护莉雅丝所爱的京都，而摸索新的“可能性”……。
线上游戏THE NEW GATE，因玩家数众多而热闹至极的虚拟世界突然发生剧变，将人们囚禁在游戏世界中，折磨着他们。 为了打破这种痛苦的现状，身为游戏内最强玩家的一名青年——进决定挺身而出。阻挡在他面前的，是这个世界最强大的敌人“原初”。“结束了……！！！！”在殊死战的最后，进的一刀贯穿了“原初”的身体。回响的系统通知声宣告游戏破关，以及遭到囚禁的玩家们将获得解放。 在人们一个个注销时，进也打算跟着向习以为常的世界告别，然而就在他注销的瞬间，崭新的大门突然开启—— 进受到光芒包覆后，映入他眼帘的竟是……游戏破关500年后的THE NEW GATE世界。 身为最强玩家的青年将在变化为现实的游戏世界中，缔造出全新的传说。
