人类与异界体的战局，更加地复杂化且持续着。 “第五次苍穹作战”，是为了夺回被夺去的同胞。驾驶着人型兵器法芙娜的真壁一骑等人的龙宫岛部队，与异界体展开了激烈的战斗。 「为了谁的生存而谁就要进行牺牲。舍弃这样的世界而活下去吧。」「让你回到你应该在的地方」 被夺去的是对于龙宫岛的人们来说的无法替代的存在。但是，对于拮抗的一方而言也是一样的道理。然后，对于人类们也是……。 在这看不见结束的、持续着战争的世界。然后，在此新的故事即将开始——
在播磨，武藏一行遇见了上杉龙臣统领的大型武士团——上杉武士团。他们的目的是讨伐盘踞在淡路岛的巨大鬼神“炮战龙八岐大蛇”。在那里，还有武田尚虎率领的武田武士团，与武藏同龄的武士岛津秋弘、尼子胜巳，以及稍显不通世俗的腼腆公主猿渡满等人。 在各种想法翻涌的涡旋之中，武藏一行也加入了灭鬼的战斗。而他们要挑战的八岐大蛇，则是号称“从未被人伤及分毫”、铜墙铁壁般的鬼神。武藏和同伴们将要面对的，是一场前所未有的激战。
距今大约3万年前，地球上生活着两个高等民族——穆族和亚特兰蒂斯族。穆族人民热爱和平，以大白鲸作为图腾；亚特兰蒂斯族则以老鹰作为图腾，争强好胜，好勇斗狠。随着科学的高度发达，优渥的生活条件渐渐无法满足亚特兰蒂斯人的贪婪欲望，他们向穆族发动战争。为了避免地球灭亡，穆族和对手达成协议，即亚特兰蒂斯族从此迁至外太空，自己这一方则沉入大海，还地球以和平。 1982年，天现异相。因能源缺乏，亚特兰蒂斯族大太空大军重新飞还地球。与之相对，穆族预言者拉姆（武岡淳一 音）将大脑与大白鲸相连，构成一个强大的超级兵器。同时他们还集结了白银剑、白诚让、白鸟丽、白风信和白川学5位转生的穆族勇士。绵亘3万年的战争即将再次爆发……
