《阿优之兔智来了2》的故事延续《阿优之神奇萝卜》系列，故事讲述的是阿U和他的小伙伴们看守的那颗巨大的超级萝卜有天突然变小了，博士怀疑是巨石阵的土壤含有某种只对大萝卜有作用的特殊物质，而现在这些物质已经受到了破坏，大萝卜得不到营养开始萎缩。博士推测萝卜岛周围的岛屿上一定还有同样的土壤，可以让大萝卜恢复原状。孩子们主动要求承担这个寻找土壤的任务，为了帮助大家，博士送来一只名叫兔智的机器人，它不仅智慧超群，还拥有各种能力，在保护萝卜的过程中发挥了重要作用。但是兔菲依旧不放弃自己的梦想，他带领手下跳跳和甩耳开着飞行器一路跟随阿U他们，发誓要得到超级萝卜。
隐仙山上，林阳一直被师父贬低称自己资质平庸，被派下山寻找极阴体质的圣女以双修提升修为。于是他带着师父的教诲和一颗求道之心，踏上了这条充满挑战的修行之路。在一次偶然的救助中，他以仙术治愈了一位重伤之人（林父），伤者看林阳神力通天，于是邀请其参加“仙道大会”，林阳欣然接受，并决心在大会上进入仙门！然而，他所不知的是：自己其实早已达到了大罗帝境，只是这份力量深藏不露，待到关键时刻必将震撼世人，引领他走向仙道的巅峰！
在一个英雄的殿堂中，历代铠甲勇士齐聚。各个主角铠甲回顾自己与邪恶势力作斗争，捍卫人类，保护地球的传奇故事。炎龙侠带着五行的力量对抗来自暗影世界的异能兽，守卫着地球的生灵与繁荣；深谙天地人法合一力量的刑天铠甲，用勇气和坚定的意志击退了邪恶的力量，维护了地球的和平与安宁；在欧克瑟妄图统治世界的时候，拿瓦铠甲利用火、风、水、土的力量阻止了人间的生灵涂炭；来自未来的捕将铠甲，挫败了僵傀们一次次的阴谋，维护了世界的和平与正义。
