《乌龙院之活宝传奇》动画片第二季延续功夫喜剧的特点， 讲述师徒四人在寻宝救世的冒险旅途中领悟到信心和快乐才是真正的力量，展现了东方智慧和见义勇为的精神。故事主要讲述在神奇的“活宝”惊现江湖后，师徒四人在寻找到活宝的四个部分后，为了找到最后的活宝之首，乌龙院师徒登上了极乐岛。 在极乐岛上，众人遇见了失踪多年的艾飞父亲——艾迪生，在他的帮助下，从岛上的猴群手中找到了活宝之首。几经周折，众人在药王庄找到了奄奄一息的艾飞将其救活，右活宝也终于被拼接完整。失散千年的左右两个活宝在此重逢，师徒四人见任务圆满完成便启程返回乌龙院。 不料老沙客为提炼活宝原力，将左和右活宝都迷晕抓走。在提炼原力的中途却发生意外，80%活宝原力被其长子沙客季获得。沙客季妄图补全活宝原力，按照祖传秘法抓来极阳之人——乌龙院大师兄，不料活宝原力又意外的转移到了大师兄身上。 乌龙院大师父发现活宝之事并未平息，担心活宝强大的力量落入坏人之手，于是又展开了调查。通过线索众人一直找到庞贵人的密室，发现了沙客家族炼丹宗师沙客一的画像，并被带入一条密道。 原来密道是通往恒王地宫的，在地宫里众人遇到为了获得完整原力而来寻找麒麟胆的大师兄，可当麒麟胆现世时，却吸走了大师兄身上的活宝原力。原来所有一切都是死于千年前的沙客一设的局，他引来活宝原力是为了使自己复活，并妄图统治天下。 众人不敌复活的沙客一，沙客一利用活宝原力和炼丹术，控制着魔仆压榨百姓、炼造了大批如同真人的魔俑，天下江湖危在旦夕。为了阻止他的邪恶阴谋，众人齐聚铁堡，计划派出铁金刚二代和魔军抗衡。大战来临前，铁堡意外失火，铁金刚被烧坏，而此时却传来魔俑大军即将烧制完成的消息。重要关头，大师兄决定带队前往石头城，捣毁魔窑，双方大战将一触即发。
漠北当下表面平静，实则暗中涌动。王后述里朵正筹划一场大会，不良帅为探查漠北动向带着一众不良人出现在漠北，以降臣为首的四大尸祖在此期间也来到漠北开了家古董羹店，而神秘的杀人凶手更弄得人心惶惶，几方势力各怀心思....
故事发生在一个名为魔仙堡的魔法世界之中，在这里，魔仙们运用她们所学习到的魔法知识来帮助遇到困难的人们。然而，在这里还是存在着一部分邪恶的魔仙们，她们利用黑魔法来获取利益，破坏世界和平。黑魔仙小月从魔仙小蓝那里偷得了魔仙彩石，这是魔仙们力量的源泉，拥有了魔仙彩石，便可以学习仙界的最高魔法。 带着魔仙彩石，小月躲藏于人类世界之中，为了不让魔仙彩石的力量危害人间，小蓝紧随其后。人类少女凌美琪和凌美雪意外的发现了躲藏在八音盒中的小蓝，三人之间结下了深厚的友谊。小蓝教会了美琪和美雪魔法，两人亦加入了寻找魔仙彩石的队伍中。
娆疆一行归来，李嗣源已称监国，借天子之名四处绞杀不良人，而身为天子的李星云也即将面临一个新的选择……
哪都通公司表面上是一家快递公司，实际上是国内管理异人的秘密组织，担负着维持异人和正常社会平衡的重任。然而陆南区的临时工陈朵杀死了负责人并叛逃。哪都通总部下达命令，六大区临时工联手追捕陈朵……为了保住冯宝宝的临时工身份，张楚岚、冯宝宝以及其他哪都通临时工共同前往碧游村执行任务。
雨季降至，为了避免塌方，熊大（张伟 配音）带领着动物们开始加固堤坝，然而，动物们对此很不上心，偷懒的偷懒，逃避的逃避，令熊大很是生气。一场意外中，泥石流袭来，熊大被冲走了，当它醒来之时，发现自己竟然身处一间马戏团之中。熊大利用自己的实力获得了留在马戏团里表演的资格，并且很快就成为了当红的动物明星。 随着时间的推移，被名声和荣誉冲昏了头脑的熊大渐渐忘记了想要回到森林之中的念头，他和马戏团团长黑猩猩亦产生了心心相惜的友谊。熊二（张秉君 配音）找到了熊大，希望熊大能够跟它回家，因为森林里的动物们一个接着一个神秘失踪了，然而熊大却拒绝了熊二的请求，继续做着它的明星梦。
穿书成反派赘婿的李雨果，后宫才刚营业，就被困于危机重重的黑森林之中，且看赘婿李雨果如何绝处逢生，与叶琼斗智斗勇，守护粉红佳人！
