《果宝特攻3》讲述了 菠萝吹雪 偶然间穿越到了 古代 的水果世界。古代水果尚未经过培植改良，都是野果， 菠萝吹雪 从他们身上学习到中华兵法及古代书画，立志成为为民除害的 英雄 。 菠萝吹雪 开始修复时光机的 旅程 ，竟然遇到了水果伙伴们的 祖先 ，最后帮助他们打败了 火龙果 ，并顺利回到 现代 。
修炼一途，乃窃阴阳，夺造化，转涅槃，握生死，掌轮回。武之极，破苍穹，动乾坤！一个浩瀚的仙侠世界，光怪陆离，神秘无尽。热血似火山沸腾，激情若瀚海汹涌，欲望如深渊无止境……
中国某朝代的皇太子一次民间出巡，邂逅了一位民间女子，并生下一个女儿，但却适逢盗贼作乱，皇太子与母女俩失散多年。数年后皇太子已登基为皇帝，与女儿重逢后发觉女儿在民间流落多年，沾染了民间市井之气。皇帝决定将女儿重新教导成一个高贵的格格。但格格早已习惯自由自在的生活，她那顽皮捣蛋的可爱性格却为严肃乏味的皇宫带来了新气象，故事由此而起。
在偏远的兽国窝窝乡，蛮吉（刘婧荦 配音）和蛮大人（王凯 配音）这两个“独行族妖侠”，整天为了取得象征着成功和光荣的“妖侠纹耀”而刻苦修炼“脉术”，却把他们所生活的“窝窝乡”弄得鸡犬不宁，村民们绞尽脑汁想把他们赶走。一天，消灭魁拔的征兵令突然传到窝窝乡，村民们惊愕之余，村长（李立宏 配音）趁机忽悠蛮大人和蛮吉从军参战。 然而，在这个一切都以“纹耀”来说话的世间，仅凭蛮大人现有的一块杂牌纹耀，不要说参军，就连住店的资格都没有。因此在树国客栈，受尽歧视的蛮吉和蛮大人决定，混上那艘即将启程去消灭魁拔的巨型战舰——曲境一号，直接去挑战魁拔，用热血获取至高的荣誉。 绿叶港码头，龙国妖侠卡拉肖克•潘（张杰 配音）被军官（张震 配音）责打羞辱却不敢还手。已经和蛮大人成功混上战舰的蛮吉挺身而出，替潘打抱不平却受到了粗暴打压。正当蛮吉陷入挣扎与绝望时，巨大的魁拔脉兽突然出现并将蛮吉“吞噬”……
