枪神记讲述了基因锁作为一项神秘降临的超时代科技，它能促使人体机能在速度、力量、感官等得到空前强化。成功打开基因锁的人成为新时代的“特工”，而特工中的佼佼者们被称为——“枪神”。围绕基因锁这一新型军备，各势力激烈斗争，纷纷成立学院培育特工。随着实验的突破与应用，同时来自神秘种族的胁迫，更让世界逐步陷入战争的泥沼...战乱结束之后，神秘种族消逝殆尽，特工、枪神更成为无从证实的都市传说，仅剩的两大特工组织“深海”与“荒蛇”分别将基地迁移至海底和地下，互不相扰。然而一派和平景象下，实则危机四伏
天下第一剑客盖聂（刘钦 配音），带着已故挚友的儿子荆天明（冯骏骅 配音），一路颠沛流离，只为了躲避秦王的追杀。在以一人之力击退了秦王派出的三百骑兵之后，荆天明在盖聂的身上看到了真正的侠肝义胆。此事传到宫墙之内，秦王大怒，命令宰相李斯（游军 配音）一定要将他们两人除之而后快，于是，李斯找到了盖聂曾经的同门师兄手下败将卫庄（吴磊 配音），想借他之手，完成自己的使命。 卫庄派出了手下四大天魔王一路袭击盖聂，而盖聂和荆天明则获得了少羽（沈达威 配音）、高月（黄怡晴 配音）和墨家众人的鼎力相助，屡屡死里逃生。最终，卫庄将盖聂一行人逼至绝境，只为了能够再同他比试一场。
为了夺取宝藏，瓜先生制定了种种自以为天衣无缝的计划，而不知情的包好吃众人，如呆萌闹腾的软小糖、爱吃傻气的布倒丁等用滑稽而搞笑的方式阴差阳错地破坏瓜先生的计划，制造了种种乐趣。
异世界帕拉尼来袭，和平的拉贝尔遭到攻击。在入侵者伊赛德斯的强攻下，守护拉贝尔的节气守护结界被打破，二十四节气散落失踪。为了拯救拉贝尔，同时也为了解除帕拉尼的黑暗危机，新一代的花仙魔法使者雪城爱与帕拉尼王子埃里克一起，来到地球，收复散落的节气花信。
击败终极歼灭者后，海阳博士为帮助众人返回现世空间而启动聚核基因石，却不慎引起能量爆炸。爆炸的基因石碎片进入了不同的空间缝隙，引起空间缝隙能量失衡，导致大量时空异常现象出现。为避免时空交错，引发空间混乱，海澄与变形联盟四位成员开始寻找并修复出现的空间缝隙。而另一边，浩肯星一方也派出精锐部队来到地球，旨在抢夺基因石碎片能量，消灭变形联盟。面对修复空间缝隙的艰巨任务，面对来自浩肯星的新的敌人和威胁，海澄和变形联盟成员毫不退缩，全力以赴。他们凭着过人的机智，同伴间的信赖，以及面对强敌的勇敢无惧，粉碎了敌人的一系列行动计划，击倒了强大的对手，最终守护了时空的平衡与地球的和平。
