战国末年，内忧外患的韩国，发生了一件离奇诡谲的案件，军饷神秘消失，鬼影重重，涉案之人先后死于非命。 韩非、张良、卫庄，这三个拥有绝世之才的人，命运交织在了一起，面对重重迷雾，他们赫然发现韩国的未来危如累卵。 那紫雾背后的冷峻眼神，已看出这棋局的胜负了吗？
在异世生存十年的幸存者左天辰去回到了一切悲剧开始的那天； 外星生物入侵，携带细菌武器而来，四处攻占人类家园，地球上的人们都被细菌所感染。 左天辰知道，未来的时光会无比的艰难，但为了前世的伙伴和亲人他必须活下去，并且变得更强来保护和拯救身边的人…… 这一次，我要弥补所有的遗憾，这一次，我要守护家园！
灵界之初，阴阳未分，瞑涬鸿蒙，后大道萌芽，灵神生其中，灵神创灵界万物，并于源神谷将自身力量化作【九件圣天灵器】，维持灵界稳定，生生不息。 灵界人族——炬皇，懵然中发现修炼大道碎片【灵气】的方法，以此成为第一代统治人族的王者，他发现了源神谷的强大力量，于是深入源神谷，妄图以凡人之躯掌握神之伟力，然圣天灵器异常强大非凡人所能染指，炬皇最终被强大的灵力吞噬，炬皇临终前有言：继承九件圣天灵器者，获永生，与天地齐寿。 现如今，普通人只能生活在圣天灵器护佑的城市之中，灵界被玄阳，月族和山海联盟分割，三足鼎立，勉强维持着表面的和平… 影月族族长之女影月琉璃作为影月族的继承人，天赋异禀，族人都希望她可以带着影月族重新崛起。但是琉璃却只想过简单轻松的生活，当一条咸鱼。
在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
