《果宝特攻3》讲述了 菠萝吹雪 偶然间穿越到了 古代 的水果世界。古代水果尚未经过培植改良，都是野果， 菠萝吹雪 从他们身上学习到中华兵法及古代书画，立志成为为民除害的 英雄 。 菠萝吹雪 开始修复时光机的 旅程 ，竟然遇到了水果伙伴们的 祖先 ，最后帮助他们打败了 火龙果 ，并顺利回到 现代 。
秦牧天生凡体，历经考验成为天魔教教主，被延康国封为第一任太学博士。延康国叛乱之战中秦牧引来魔神，掀起浩荡风云，后随武可汗入楼兰黄金宫，一个人打遍圣宫无敌手。他返回延康,助国师平叛、造射日神炮，后得人皇传承成为新一代人皇。机缘巧合下秦牧得知自己的身世,借助道门小玉京等人帮助，开启道法神通改革的大世。
小学生小宝家里突然来了个名叫小糊涂神的不速之客。小糊涂神今年三岁半，脑袋经常抽风，曾经迷路八百多次，是个不折不扣的小糊涂蛋。他住在小宝的转笔刀里，经常连自己的名字都记不清楚。只要念动“金糊涂银糊涂”的咒语他的他爸爸老糊涂和爷爷老老糊涂就会出来救他，可是爸爸跟爷爷往往比小糊涂神更糊涂。一次意外，小糊涂神放跑了葫芦里的死对头大魔包，从此小宝和小糊涂神的生活就麻烦不断。
萧炎为唤醒老师药老，来到帝都参加炼药师大会，却因过人实力而被意图不轨的敌人暗算。危急关头，萧炎力挽狂澜成功夺冠，维护了加玛帝国荣誉。解开心结的萧炎，迎接即将到来的三年之约……
新的一年，灰太狼贼心不死，依然奔跑在抓羊的征途上。挫折过后，灰太狼从小灰灰那里得到灵感，研制出“衣柜互联网”试图从自家衣橱进入小羊的衣橱。他的研究取得成功，不过去在异度空间和一具奇怪的小衣柜撞上，而小衣柜正是派送各种衣服的快递员。据说只要爱护自己的衣物，并诚心诚意许愿，那么就会得到小衣柜送来的新衣服。为了帮助受伤的小衣柜回到互联网上，喜羊羊、美羊羊、暖羊羊、沸羊羊、懒羊羊齐齐动手要帮助他，在此过程中还结识了小衣柜体内的新朋友：软尺“皮皮”、洗衣板“转转”、织针“尖尖”、七彩线卷“小彩虹”、大嘴鸟剪刀“大嘴”、放大镜“大镜”。 当灰太狼和红太狼得知这一消息后，围绕小衣柜的争夺战接连展开……
