2045年。全ての国家を震撼させる経済災害「全世界同時デフォルト」の発生と、AIの爆発的な進化により、世界は計画的且つ持続可能な戦争“サスティナブル・ウォー”へと突入した。だが人々が、AIによる人類滅亡への危機を日常レベルで実感できるまでには衰退の進んでいない近未来――。 内戦・紛争を渡り歩き、廃墟が横たわるアメリカ大陸西海岸において、傭兵部隊として腕を奮っている全身義体のサイボーグ・草薙素子とバトーたち元・公安9課のメンバー。電脳犯罪やテロに対する攻性の組織に所属し、卓越した電脳・戦闘スキルを誇っていた彼女らにとって、この時代はまさにこの世の春である。そんな草薙率いる部隊の前に、“ポスト・ヒューマン”と呼ばれる驚異的な知能と身体能力を持つ存在が突如として現れる。彼らは如何にして生まれ、その目的とは。大国間の謀略渦巻くなか、いま再び“攻殻機動隊”が組織される――。

044是经由操纵遗传因子而获得超群战斗能力的最强女战士。然而获得力量所换来的代价则是她的生命将不长久。她从政府接到了歼灭吸血鬼军团「噬菌」的首领金古的任务。然而在战斗中，044与「噬菌」的年轻战士僇卡相遇，她不知为何要去杀僇卡，如此迷惑着的044，却被政府的领导者达克萨斯二世当作了背叛者。于是两人遭到了政府以及「噬菌」两方面的狙击。受了伤的僇卡与044一起继续逃亡，在这过程中，他们听到了充满了慈爱的谜之声。最终044与僇卡在感受到了微妙的爱意后突进到了最终的决战。

恋人の義体技師ホセと逢瀬を交わす草薙素子の元に仲間となったバトーから西ノ内のビルで起きた爆弾テロの急報が届く。 現場に急行し制圧するとテロリストたちはファイア・スターターと噂される超ウィザード級ハッカーにより偽の記憶が植え付けられ、更に主犯のカルディス人の胸にはかつてクザン共和国で起きたカルディス人独立戦争の英雄“スクラサス”のシンボルマークであるティアドロップ・ダガーの刺青が刻まれていた。それを見た素子は「スクラサスは戦争中に死んだはず」と断言する。 同じ頃、山の手のダムで起きた爆発でひとりの刑事が殺されていた。 その所持品には“人魚の脚（MERMAID’S LEGS）”という店名の名刺と、“エアリアル”というタグのついた義体の脚部が遺されていた。事件を捜査する新浜県警の刑事トグサは、クザン共和国水企業の代表者サイードにたどり着く。 会議場の爆発物はなにか？　ファイア・スターターの正体とは？　ふたつの事件が交錯するとき、蘇ったスクラサスの狙いが明らかになる――。

帕拉蒂姆城里的所有人都失去了40年前的记忆，而居民们用头脑中留下的文明和道德观念维系着这个失忆之城。谈判专家罗杰·史密斯自救下机器人R·多洛茜·薇恩莱特后又经历了一系列的冒险，渐渐接近了这个世界的真实……

　　时间为公历2034年，在2nd GIG“难民事件”的两年后。增员20人的新重组的公安九课又再临危受命，调查以梵文刺青为标志的恐怖分子的连续自杀事件以及机场人质劫持事件。从疑犯口中得知，潜藏于事件背后的幕后黑手，是一个被称为“傀儡回”的超高级黑客。 　　老将巴特在一次暗中调查时，与久违两年的少佐草薙素子不期而遇，然而重逢十分短暂，素子神秘的行动，以及那句“不要接近Solid State Society”的忠告，就连巴特也误认为素子就是“傀儡回”。 　　因两年前素子的失踪而被任命为队长的陀古萨，正在为神秘自杀事件困惑，另一边厢，又一件头痛的事件接踵而来——发现16名被绑架的失踪儿童，而且这些孩子们都被删去了关于父母的部份记忆，而追查其监护人，竟然都是孤独无依的鳏寡老人。 　　调查越深，事件越发不可思议，失踪小童的数字竟达两万多人，政府官员意欲雇凶自杀，如催眠师般的“傀儡回”无线入侵，陀古萨的宝贝女儿被盯上，甚至陀古萨的性命也差点不保……一个个谜团如沸水般不停冒泡，越演越烈，Solid State Society究竟指的是什么？在大家都茫无头绪之际，素子终于现身，她将为事态带来怎样的转机？