这是“闪光”与“黑衣剑士”在被如此称呼之前的故事—— 某一天，偶然戴上"NERvGear"的结城明日奈，原本是与网络游戏无缘的初中三年级少女。 游戏管理员告知。“这虽然是游戏，但可不是闹着玩的。”在游戏中的死亡，与现实中的死亡直接相关。 听到这一消息的所有玩家都很混乱，游戏内到处都是凄惨的叫声。其中之一的亚丝娜，在不了解世界的规则的情况下，踏上了看不到顶的钢铁浮游城“艾恩葛朗特”的攻略之路。 在和死亡作伴的世界里生存下去的过程中，亚丝娜遇见了命运般的“邂逅”。以及，“离别”—— 虽然被“眼前的现实”玩弄，但在拼命战斗的她面前出现的，是孤傲的剑士——桐人。

《これは、ゲームであっても遊びではない。》 世界初のVRMMORPG《ソードアート・オンライン》がデスゲームと化し、 １万人のユーザーがゲームの世界に閉じ込められてから、既にひと月以上が過ぎていた。 鋼鉄の浮遊城《アインクラッド》第一層を攻略したアスナは、 キリトとコンビを組んだまま、最上階を目指し旅を続けていた。 女情報屋アルゴの協力も加わり、攻略は順調に進んでいるかのように見えたが…… 攻略を先導するトッププレイヤー集団、《ALS》（アインクラッド解放隊）と《DKB》（ドラゴンナイツブリゲード）。 本来は共闘すべき2大ギルドの対立が勃発する。 その陰には、暗躍する謎の人物の姿が――。 死と隣合わせの危険な戦いのなか、《攻略》とはまた異なる《脅威》が、 アスナとキリトを巻き込んでいく――！