以若木民喜的同名漫画为原著的动画《只有神知道的世界》宣布第1季在2011年1月4日起在日本重播的同时，在其连载的漫画杂志《周刊少年 SUNDAY》上宣布推出第二季动画《只有神知道的世界Ⅱ》。擅长恋爱游戏甚至被称为“攻略之神”的少年——桂木桂马在来自冥界的恶魔艾露西的强迫下，与她结下了地狱的契约。两人已经一起成功捕捉了四只驱魂。这一次在二人面前出现了新的驱魂队成员。在这一季里，将会出现新的攻略对象，武术传承者春日楠，现实女孩中的现实女孩小阪千寻以及学校的实习教师长濑纯。攻略故事就由此再一次展开。
风和日丽的一天，铃木财团巨资营建的铃木塔举行了盛大的开幕典礼。柯南（高山南 配音）和好朋友们自然受邀参观。谁知一名游客突然被远处建筑发射来的子弹狙击身亡，柯南锁定凶手果断展开追击，然而对方胆大非常，公然炸毁拦截他的警车，在重重包围中脱身而去。在此之后，FBI和日本警方组成联合调查总部，经朱蒂•斯泰琳（一城美由希 配音）介绍得知，嫌疑人很可能是原美国海豹突击队狙击手蒂莫西·亨特。战功显赫的亨特曾经获得过银星勋章，但是后来被战友指控违反交战原则，射杀了手无寸铁的平民，此后他更在战场上遭遇影响毕生的创痛，人生也彻底跌入低谷。此番他以神秘狙击手的出现，显然是想想那些毁灭了他的人生的人们复仇。 狙击事件接连而起，全东京陷入莫大的恐慌之中……
