故事发生在名为樱才学院的私立高中。原身为女子学校的樱才学院，迫于男女比例的社会压力，将作为综合学校向社会开放。今年，学校迎来了首批男性学员入学，虽然28:524的男女比例使新入校的男生们感到分外紧张，但作为一所综合性学校，樱才高中崭新的未来开始了。 作为二十八分之一，津 田隆利（浅沼晋太郎 配音）以其各方面看来都无比普通的成绩获取了入学资格。在校园中，隆利结识了学生会会长天草筱（日笠阳子 配音），从而开始了自己的学生会生涯。书记七条天空（佐藤聪美 配音）、会计萩村铃（矢作纱友里 配音）、顾问横岛鸣子（小林优 配音）等女性陆续出现在了隆利的身边，而这些外表可爱美艳的女孩们，却都拥有着无论如何都不能用正常来概括的性格，这究竟是怎么回事？
位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。 高中生上条当麻，也是住在学园都市的学生之一。他由于寄宿在右手中的力量——只要是异能之力，就连神的加护都能消除的“幻想杀手（Imagine Breaker）”，而得到吊车尾的“无能力”的评价，过着充满不幸的人生。 而上条的学生生活，由于暑假开始时从天而降的纯白修女而发生了巨大的变化。自从与逃离“魔法”世界的少女——“禁书目录（茵蒂克丝）”相遇开始，上条就被卷入了各种各样的事件当中。在惊险地解决了统率学园都市的“科学”侧和与茵蒂克丝关联的“魔法”侧双方的事件过程中，他的人际关系也逐步扩展。随后，魔法侧的十字教最大宗派罗马正教，终于注意到了上条的存在……。 就像是在呼应魔法侧一样，科学侧的学园都市也开始了行动。但是，为了与突然开始对立的世界变化相抗争，那些因为上条的关系，而使命运大为改变的“英雄”们不断地出现。 就像上条当麻做过的那样，他们也挺身而出与世界对峙。 科学与魔法第三次交织之时，故事将大幅推进！！
故事发生北宇治高中，黄前久美子（黑泽知叶 配音）刚刚踏入校园，对于未知的高中生活，久美子充满了憧憬。加藤叶月（朝井彩加 配音）是久美子的同级生，在叶月的极力劝说之下，耳根软的久美子在半推半就之下加入了学校的吹奏乐部。曾经，吹奏乐部有着十分辉煌的历史，然而，在换了顾问之后，吹奏乐部渐渐落寞，如今，音乐老师泷升（樱井孝宏 配音）作为新的顾问新鲜赴任，他对重振吹奏乐部，进军全国大会有着极大的信心。 个性乐观开朗的川岛绿辉（丰田萌绘 配音）、理智冷静的高坂丽奈（安济知佳 配音）、大姐头田中明日香（寿美菜子 配音），在这些前辈们的陪伴和指导之下，久美子快乐的高中生活就此拉开序幕。
尽管具备能毁灭人类、精灵，甚至是众神的力量，暴虐魔王阿诺斯却厌倦了永无止尽的斗争，梦想着和平的世界进行转生。然而在两千年后，转生后的他所迎来的，却是适应和平生活而变得过于弱小的子孙们，以及各种衰退至极的魔法。阿诺斯虽然进入了把被认定是魔王转生者的人召集起来「魔王学院」就读，学院却无法看出他的实力，使他被盖上不适任者的烙印。在众人都瞧不起他的环境里，他将唯一亲切对待自己的少女米夏纳为部下，不适任者（魔王）在魔族的阶级制度上迈向巅峰。 经历过各种事件后，接着将进入下一篇章《大精灵篇》！在阻止了魔族与人类的战争后，出现在阿诺斯面前的是打算毁灭暴虐魔王的新「神之子」……面对各种不讲道理的情况也一派轻松的《不适任者》将面临全新挑战！「转生到这个和平的时代，我也学会如何手下留情了呢。」
