拥有28万人口的三门市，其境内某天突然打开了一扇通往未知世界的大门。从大门的另一端，被称为“近界民”的怪物蜂拥而出。人类惊慌失措之余发现，地球现有的武器对近界民完全没有任何效果。危急时刻，神秘团体境界防卫组织“BORDER”出现击退近界民，三门市总算回归往昔的正常生活。如是过了四年半的时间，隐藏着作为“BORDER”成员身份的初中学生三云修（梶裕贵 配音）和转学生空闲游真（村中知 配音）相遇，而对方竟然是来自门另一头的近界民，此行的目的是为了找到自己的父亲。分出不同阵营的二人，注定要在命运的战争中激烈碰撞…… 本片根据苇原大介的同名漫画改编。
故事发生在名为恩典农场的孤儿院内，在这里生活着很多失去了亲人，无家可归的孩子们，他们共有36人，每天，在劳作和玩耍之余，孩子们还要进行学习和测验，其中，佼佼者是名为艾玛（诸星堇 配音）的女孩和名为诺曼（内田真礼 配音）的男孩。负责管理和看护这些孩子们的女性名叫伊莎贝拉（甲斐田裕子 配音），孩子们喜欢喊她“妈妈”。每过一段时间，都会有一个孩子被收养离开农场，生活在这里的孩子们都将此作为自己的人生目标。 一次偶然中，艾玛发现了隐藏在这座孤儿院背后的秘密，那些离开的孩子根本就没有被领养，而是被屠宰了，生活在恩典农场的孩子们，其实就是这座农场所饲养的“牲畜”。
故事的主人公露恩·芭洛特是生活在马杜克市的未成年妓女。 经营着赌场的野心家榭尔捡到了无依无靠的她之后，给予了芭洛特一切。虚假的出身、虚假的过去和现实，彻头彻尾的简直像要重新书写一个人的人格一样。芭洛特学会了把自己的心封闭在壳里，渐渐的习惯了日复一日封闭自己的生活。 芭洛特明知道自己应该感激给予自己一切的榭尔，却又忍不住想知道自己是谁。一旦想起悲惨的过去，却只能感激现在的一切。有一次，芭洛特忍不住用计算机搜索到了自己的经历。这一次的过错，改变了她的人生。榭尔在知道了她的举动之后，决定将她烧死。 芭洛特在死亡线上挣扎了一圈之后终于保住性命。马杜克市事件的负责人乌夫库克博士将她全身的皮肤用强化纤维再造，使她活了过来。然而她却不得不面临新的选择，马杜克市有一个法令，以保护人命为目的的紧急法令——马杜克紧急法令09：使用法令禁止的科学技术所特别许可的特殊能力。芭洛特是否能得到这种能力，她又将如何生存下去？她的存在价值，她被杀的原因，她将直面这一切残酷的事实。
