ドラッケンが率いる火・風・水・土を操る4人の特殊部隊「エレメント４」がシキたちの前に立ちはだかり、ワイズやホムラが苦戦している様子が見て取れる。加えて、強者のオーラが溢れ出るドラッケンの「お前の冒険はここまでだ」のセリフの後に、力尽きたようなシキの姿が映し出されるなど、第1期からさらに激しさを増した戦いが第2期では繰り広げられているのは間違いない。シキ達の冒険は終わってしまうのか…‼
かつて、突如として現れた正体不明の敵・アンノウン。 「超進化鉄道開発機構」通称「ERDA（エルダ）」は、対抗手段として新幹線が変形するロボット「シンカリオン」を開発し、脅威に備えていた。 「何かを守れる、カッコイイ人に…僕は…」 中学2年生の大成タイセイは、2年前に失踪した姉の手がかりを求めて、進開学園中等部に転入する。 その矢先、10年ぶりにアンノウンが出現。偶然にもタイセイがシンカリオン運転士として高い適性値を持つことが判明し、闘う決断を迫られることとなる。 アンノウンの正体、そして目的は何なのか…。闘いの末に見えてきた真実とは…。 少年たちの決意と成長の物語が、今、始まる―。
绿化都市风祭。 在这个文明和绿色共存的理想都市里居住着的天王寺瑚太朗和神戸小鳥、吉野晴彦等朋友们过着平凡的每一天。 就在这平静的风祭市里、每年一次的喧嚣时期到来了。 这就是将整个都市气氛烘托热烈的收获祭。 宛如迎接巨大的文化祭一般、瑚太朗开始了捕捉新闻线索的打工。 风祭的未确认生物情报、原本只是超自然现象一般的流言，结果却逐渐被染上了一层真实的色彩。 同时期、瑚太朗的身边也开始逐渐开始出现各种无法解释的现象。 瑚太朗请求神秘研究会的部長千里朱音进行调查协助、而他的朋友们也被卷入了这场调查行动之中。 这对瑚太朗来说、其实只是为了满足自己小小的冒险欲而已。 和充满精力的伙伴们一起度过的话、那真是太好了。 瑚太朗还没有注意到。那和谁都不曾知晓的“真实”的探求之路紧紧联系在一起。 ———能改写过来吗、她的命运。
这个「国家」正隐瞒着什么——自从在“地下”的激战结束后，森罗他们知晓了「传教者」的野心。他们的目的是集合所有「安德拉爆炎」的拥有者，重现贰佰伍拾年前发生的大灾难，毁灭世界。身为安德拉爆炎的拥有者，森罗已被传教者盯上，但他仍在为了阻止传教者的目的而持续行动着。与拥有「安德拉爆炎」的少女相遇，以及，被皇国隐藏起来的，「天照」背后的巨大秘密。因火焰而疯狂，同时又被火焰所引导的少年，正一步步接近真相。
2021年。アメリカ合衆国をはじめとした先進工業諸国による規制の努力もむなしく、異星人ペドラーがもたらした意識制御型汎用作業機械「エグゾフレーム」は、全世界に拡散していた。アフリカの新興国、アザニア共和国の大統領ライラ・レシャップは、誰もがタダ同然で利用可能な、この異星の汎用機械によって発展途上国の技術的独立を達成しようと、明に暗に策をめぐらす。一方、ボウマンたち海兵隊員は、アザニアの動きに対抗するため、エリア51において極秘のうちに海兵隊専用エグゾの開発を始めるのだった。
