小津一家独自居住在一栋西式大宅里。其一家之主是深雪、与经营自营农园的长子・莳 魔法战队魔法连者标志 魔法战队魔法连者标志 人负责养育著其余四个孩子，一个过著普通生活的家庭。 就在一个星期日的早上，在一家人的面前出现了一个魔法阵，而从里面居然跑出一个丑恶的妖怪。就在孩子们不知如何是好的时候，妈妈深雪拿出一个造型奇妙的移动电话，并且用它变身成像是穿着白色战衣的天使一般的形态，将妖怪两三下打倒。 回到家后，深雪告知惊讶不已的孩子们说。先前所打倒的妖怪是为了侵略地上界而曾被“天空圣者”所封印的地底冥府印菲西亚的冥兽。自己是为了与复活的印菲西亚战斗，授以天空圣者的魔法可变身成魔法使・魔法圣母。而且孩子们也与自己同样拥有魔法使的资质……
幼时曾深陷绝望深渊的直枝理树，与4位少年少女相遇了。 在那之后数年，理树作为Little Busters的一员，喧闹地过着快乐的每一天。 这样的时间能够一直持续就好了。理树所期望的只有这样。 某日，恭介突然表示要成立一支棒球队伍， 理树则开始了寻找成员的任务。 在这样的过程中，理树邂逅了新的成员们。 和大家一起参加试胆大会，潜入女生宿舍时被换上女装，一起演人偶剧……。 经历了许多快乐的事情， 同时也在大家的帮助下解决了各自拥有的烦恼。 最后在棒球比赛中，理树确认了和最好的朋友们之间的牵绊。 ——然而，这并不是结束。 和来谷唯湖之间的故事。 理树与铃的故事。 以及，理树和铃终于知晓的“世界的秘密”。 Little Busters真正的物语，自此开始——。
高中生少年八坂真寻的面前突然出现了一位银发碧眼的美少女，她自称是克苏鲁神话中登场的邪神·奈亚拉托提普，并且是宇宙人。从那以后，以奈亚子和真寻为中心的邪神（宇宙人）和地球人所引起的尽是麻烦的每一天开始了。
