成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。
表面上看来，藤宫香织（雨宫天 配音）是一个再平凡不过的高中少女，然而，很少有人知道，一种罕见的疾病让香织的记忆只能维持一周的时间。曾经感情要好的朋友、让人快乐的事情，只要一周的时间一到，就会统统忘记，背负着这样的痛苦，香织压抑了自己的感情，带上了冷酷的假面，过着离群索居的孤独生活。 香织诡异的性格让开朗乐观的男孩长谷佑树（山谷祥生 配音）感到十分好奇，他主动接近香织，提出了要成为朋友的请求。得知了香织的病情，佑树并没有退却，周复一周，他凭借着自己的善意，一次又一次地和香织成为了朋友，随着时间的推移，一种坚实的羁绊在两个年轻善良的孩子之间产生了。
沢渡枫（竹达彩奈 配音）幼年时不幸的失去了父亲，在悲痛中，坚强的她决定拾起父亲最爱的相机，通过摄影来完成对父亲的回忆和思念。在某一次拍摄中，枫偶然发现了一种名为“玉响”的光芒，为了捕捉这能够让人得到幸福的神迹，枫彻底的走上了摄影的道路。 这一天，枫来到了父亲曾经生活过的小镇竹原市，在这里，她要开始她崭新的高中生活。在学校里，枫结识了一群个性可爱的朋友们。虽然毒舌但十分关心枫的塙薰（阿澄佳奈 配音），性格害羞但一直为了完成梦想而努力的樱田麻音（仪武佑子 配音）以及个性大大咧咧但心思其实十分细腻的冈崎乃理惠（井口裕香 配音），枫决定要用相机为她们制造出最美丽的玉响。一段单纯快乐的友情在少女之间展开了。
乡下的14岁少女艾丽卡，为了成为传说中的“乙HiME”，不远万里来到繁华的大都市，想要在风华王国的加尔德罗贝学院学习。 所谓“乙HiME“，是王权贵族们为了保护自己所招募的，通过建立契约而使用超能力的少女们的通称。这是每个少女都梦想的职业，艾丽卡也不例外。但加尔德罗贝学院的入学条件十分苛刻，艾丽卡对此无能为力。正当艾丽卡一筹莫展之际，她竟遇到被士兵追捕的风华王国公主真白公主！原来，真白厌倦王室无聊的生活，逃离了王宫。二人逃离追兵后，突然遭遇了奇怪生物的袭击，加尔德罗贝学院的预备生尼娜•王与学院中的乙HiME开始了公主营救行动。 不平凡的开端，艾丽卡通向乙HiME的道路，到底如何是好？
