MF文庫Jの大人気小説「Re:ゼロから始める異世界生活」のアニメーションシリーズ、待望の3rd season開幕！襲い来るエルザたちの猛攻を退け、大兎との戦いでベアトリスとの契約を果たした「聖域」の解放から1年が過ぎた。王選に臨むエミリア陣営は一致団結、充実した日々を送っていたナツキ・スバルだったが、平穏は使者によって届けられた一枚の書状によって終わりを告げる。それは王選候補者の一人、アナスタシアがエミリアへ宛てたルグニカの五大都市に数えられる水門都市プリステラへの招待状だった。招待を受け、プリステラへ向かうスバルたち一行を待っていたのは様々な再会。一つは意外な、一つは意図せぬ、そして一つは来るべき。水面下で蠢く悪意の胎動と降りかかる未曾有の危機。少年は再び過酷な運命に立ち向かう。
四谷友助（上村祐翔 配音）是一名中学三年级的男生，在班上友助属于默默无闻的那类学生，他既不喜欢结交朋友，在课业上也平平无奇，总是独来独往。一天放学后，友助在意外中穿越到了异世界，让友助震惊的是，他在这里竟然遇见了同班同学新堂衣宇（久保田梨沙 配音）和箱崎红末（和气杏未 配音），她们一个是班级里人气极高的美少女，另一个则体弱多病，总是在病假中。然而，在这个世界里，他们三人是并肩作战的伙伴。 这并不是一个和平的世界，友助一行人要对抗的，是比他们强大的多的敌人，为了获得胜利保住性命，一切都有被利用的价值，甚至是同伴们的生命，亦可拿来作为与对手博弈的棋子。
男孩子气的女高中生相泽智向初中前一直把自己当成男生的青梅竹马久保田淳一郎表白，却收到了“我也爱你！挚友！”的回答。想要被喜欢的男生当成“女孩子”看待！“男孩子气女生”校园爱情喜剧，开幕！
在冲绳合宿中，在由于朝阳的云隙光而达到了最高氛围值的桥上，雪村和冰室进行了理论值最高的亲吻，但由于采集的唾液量并不充足，于是决定再次测量。为拜访唾液检测的专家，一行人动身前往理工部生命科学学院。而他们面前出现的是花魁打扮配一袭白衣的艳丽女子翠雨，以及她的恋人克里斯。雪村邀请翠雨二人帮助他们一起完成“证明喜欢的实验”，却因此见识了翠雨他们压倒性的爱之气场……。
做事沉稳可靠，深受小弟信赖的大哥山本健太郎（小野大辅 配音）、脾气有些火爆，总是行动比头脑先行的立花亮（日野聪 配音）和对黑道生活充满了憧憬渴望能够干出一番大事业的杉原和哉（兴津和幸 配音）是黑道内的铁三角，却因为在一场意外之中做了错事而即将遭到老大犬金组长（藤原启治 配音）的惩罚。 犬金组长给了他们两个选择，一是以死谢罪，二是被送往泰国接受变性手术，然后以偶像组合的身份出道。最终，三人选择了后者，就这样，以爱理（贯井柚佳 配音）、真理（前田佳织里 配音）和千佳（赤尾光 配音）为核心成员的偶像组合后街女孩诞生了。
结城梨斗（渡边明乃 配音）正派开朗，细心友善。一直以来，梨斗都暗恋着青梅竹马西连寺春菜（矢作纱友里 配音），可是，对于恋爱一窍不通的梨斗只是将这份强烈的感情深深的埋藏在心底。终于，梨斗再也无法压抑心中对于春菜的爱意了，再三地鼓起勇气，他决定向春菜表白。 一次偶然中，一位名叫菈菈（户松遥 配音）的女孩从天而降出现在了梨斗的面前，在阴差阳错之间，菈菈竟然成为了梨斗的告白对象，就这样，梨斗和自称是外星公主的菈菈开始了同居生活。也就是从这时开始，杀手暗影（福圆美里 配音）、菈菈的妹妹娜娜（伊藤加奈惠 配音）和梦梦（丰崎爱生 配音）等人接二连三的来到了梨斗的身边。
星川博士从事研究绿之星时受到银帝军的袭击，生死未卜，而机械人G6负责将博士的5位子女带回地球。20年后，银帝军已攻占999个星球，继而转攻地球。当年的5位兄弟姐妹肩负起起守护地球的责任，组成＂地球战队＂。他们5人平时的身份是一所小学的老师。
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