平静的风吹过美丽的大地——阿斯特莱亚大陆。在大陆的某个角落，失去记忆的少年佑树醒了过来，照顾他的小小指引者可可萝、总是饿肚子的美少女剑士佩可莉姆、有一点冷酷的猫耳魔法少女凯露，在命运的指引下，他们创立了名为“美食殿堂”的公会。现在，佑树和她们的冒险揭幕了。
在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……
在纷乱嘈杂的现代化城市——东京，蔓延着一种吞食死尸的怪人，人们称之为喰种。那一日，金木研——上井大学的一名普通学生——遇上了某位神秘女子，进而卷入了一场迷之事故。自此，充满波折的命运齿轮开始转动了……
1989年，日本。 乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
時ははるか未来。 NEUE（ノイエ）と呼ばれる銀河に存在する惑星セルダール。 セルダール星には別の銀河EDEN（エデン）にあるトランスバール星との友好関係の元に作られた、トランスバール市が存在する。 そこにトランスバール軍によって設立された５人の女の子による特殊部隊、それがルーンエンジェル隊である。 精鋭であるルーンエンジェル隊は紋章機と呼ばれる戦闘機を駆り、広大な宇宙を舞台に大活躍！ ……のはずだったのだが……彼女たちは一筋縄ではいかない隊員だらけだったのだ！ マイペースな５人が、気の向くままに何もなくても縦横無尽のドタバタ騒ぎを大展開！ 果たして一体どんな愉快な事件がおきるのか!? ハイテンションSFアクションコメディの決定版！
