故事发生在某个晴朗的下午，鲁鲁修与娜娜莉一起度过着安稳的时间。突然，娜娜莉向鲁鲁修请求：“想再听以前在皇宫的庭院哥哥讲的那些充满快乐的故事”。为了满足自己珍爱的妹妹的希望，于是鲁鲁修对《CODE GEASS》系列的登场人物使用GEASS的力量。“鲁鲁修・V・不列颠尼亚命令，《CODE GEASS》的角色们啊，成为我所讲故事的登场人物吧，使我最爱的妹妹娜娜莉高兴！”就这样开始了《CODE GEASS》历史上最大规模的GEASS浪费，新的不思议之国的故事就此上演。
天医会综合医院，统括诊断部。 这里汇聚了其他医生认为“难以诊断”的患者。 甚至连警方都束手无策的“杀人案件”与“谜团”也…… 天才医生天久鹰央将揭开这些离奇“疾病”背后隐藏的惊人真相！ “这个疾病（谜题），由我来下诊断——！！”
某个大陆的、某个时代。 大陆南北分割的战争结束了，世界逐渐走向了和平。 在战争中、作为军人而战斗的薇尔莉特·伊芙加登离开了军队，来到了大港口城市。怀抱着战场上一个对她而言比谁都重要的人告诉了她“某个话语”――。 街道上人群踊跃，有轨电车在排列着煤气灯的马路上穿梭着。薇尔莉特在街道上找到了“代写书信”的工作。那是根据委托人的想法来组织出相应语言的工作。 她直面着委托人、触碰着委托人内心深处的坦率感情。与此同时，薇尔莉特在记录书信时，那一天所告知的那句话的意思也逐渐接近了。
在近未來的東京，人來人往的街道上突現出現了黑點，而黑點也慢慢的擴大為直徑數十公里的圓頂狀的東西並將東京給吞噬覆蓋，面對這個光景且呆立的人們在下一秒發現黑點的中心點出現了異樣的事物，後來人們改稱之為《Z/X -Zillions of enemy X-》―――。
“我要取消和你的婚约。” 在华丽的晚会上突然被说了解除婚约，艾琳·劳伦·道托利什在打击下恢复了前世的记忆：这里是自己前世沉迷的乙女游戏“圣魔少女的雷加利亚”中，而自己就是妨碍游戏女主角恋爱之路的反派小姐艾琳！ 如果是按照前世的记忆，艾琳接下来只有死法粗糙的毁灭路径。如果能攻略毁灭旗帜的起点，终极boss魔王克劳德，让他成为自己的恋人的话，也许就能避开flag了！ 想到这里，艾琳向美丽的魔王宣布： “我想和你结婚!” 一击逆转，为了抓住幸福的艾琳的旅程开始了！
「但是，我…关于朋友的记忆，一周就会消失呢—」一直都是一个人的同班同学藤宫香织所述的事实。主人公长谷祐树，即使是这样也想和香织成为朋友。一周的记忆开始又结束，两个人不断成为朋友。一次又一次—。对于你，我永远都是你的朋友。然后，总有一天能告诉你，我是你的朋友。
舞台是16世纪初的佛罗伦萨。在这座绘画及雕刻繁盛的都市，出生于贵族家庭的少女阿尔蒂，从懂事起就热衷于画画。阿尔蒂怀着总有一天要成为画家的梦想而生活，但当时的主流却认为“女性从事画家职业”并不是一件好事。就这样，阿尔蒂被迫作出人生最大的决断……
