人类消失后，地球经历了漫长的岁月。 位于日本首都东京银座的「银河楼」酒店，至今仍在营业中。 工作人员是以酒店机器人八千代为中心，在各个部门工作的员工机器人们。它们一边等待老板的归来和再次迎接人类的时刻，一边在没有住客的酒店里专心致志地工作，这样的日子仿佛永无止境。 而对于这样的八千代等人，现在，小小的奇迹即将发生——
漫画《中之人基因组【实况中】》宣布了动画化企划进行中的消息，引起轰动的原因不明的连续少年少女失踪事件。《中之人基因组》，在游戏实况者之间成为话题的神秘免费游戏。通称，失踪游戏。据称，在即将通关之际就消失的玩家源源不断。失踪的游戏实况者们被人为地与外界隔离，集合到某座岛上。在那里，他们所接受的命令，是通过必须在现实中通关的各种游戏，来达成一亿的播放数。8名人气实况者所带来的，以能否回归为赌注的真实游戏《中之人基因组》的实况开始了——
描述一位名叫小夜的少女与称为翼手的生物之间的战斗。 1966年，秋天。时值越战时期，在日本国内的美国空军横田基地内，不时可见F4幻影战斗机频繁起降，空气中充斥着一股杀戮的气氛；就在此时，基地附近的市区连续发生了离奇的命案。地下铁，银座线，正驶著通往浅草的最后一班列车，一名少女出现在空荡的车厢内，她拥有令大人感到刺眼的眼神，紧闭着双唇欲诉说她内心的真正意念，她的名字叫小夜(SAYA)；她是“组织”(名词)为了打倒潜伏于人类社会里的吸血鬼“翼手”，因而派遣至人类社会的救世主。穿着水手服的小夜，手持日本武士刀作为武器，潜入了基地内的美国学校...
