15世纪的欧洲某国。在跳级中被允许进入大学的神童拉法尔。他回应了周围的期待，宣布将专攻当时最重要的神学。但是，从以前开始就热心投入的对天文的热情一直没有被抛弃。 有一天，他遇到了一位名叫休伯特的神秘学者。因为触犯了基于异端思想的禁忌而受到拷问，被关进监狱的休伯特。 他研究的是关于宇宙的冲击性的“某个假说”——。
故事发生在拥有通称“地下城”的广阔的地下迷宫的迷宫都市欧拉丽，想成为冒险者并且向往像英雄冒险谭中那样的“与异性命运的邂逅”的主人公贝尔·克朗尼，在这个地方遇见了一位小“神仙”赫斯缇雅，而她正四处寻找自己“眷族”的成员。吃了不少“眷族”闭门羹的贝尔在听了其劝诱后，立马就决定加入。某日，贝尔在地下城遭到了怪物“弥诺陶洛斯”的袭击，由于水平之差而无计可施的贝尔面临走投无路的危机，而在千钧一发之际，最强冒险者艾丝·华伦斯坦出手相助。就在这一瞬间，贝尔对艾丝一见钟情。就这样，一段眷族神话正式拉开帷幕。
这个星球上生活着不可思议的生物神奇宝贝。现在开始讲述少年小智和神奇宝贝们的相遇、冒险和战斗经历的故事。 在结束了在成都地区的旅行后 小智只带上了他最先获得的神奇宝贝——皮卡丘 来到了芳缘地方。但是在到芳缘地方的途中，皮卡丘被火箭队的攻击变得异常奇怪... 在AG中，小智和新加入的女主角——小遥，永远支持着小智的小刚，以及小遥的弟弟小胜，一起在芳缘地方，以及到对战开拓区旅行
在纽约的罗斯福岛上，四位女主角凯特、萝丝、克莱儿以及瑞秋她们经历了在此地发生的一连串神秘自杀事件。之后她们所就读的学校因为有学生自杀（似乎被卷入了这场神秘事件）而宣告停课，而她们四人被一只神秘的蝴蝶引导到一处奇怪的地点，而她们却被一群神秘的人物宣告“死亡”；如果她们还要继续存活下来，她们只得别无选择地逐一猎杀眼前所出现的怪物。
奥林匹克众神中不乏妄图统治天空、海洋、大地的野心之辈，在遥远的神话时代，冥王哈迪斯曾率领108冥斗士向人类世界发起攻击，智慧女神雅典娜则率圣斗士们奋起迎敌。连番苦战之后，哈迪斯及其军团战败，他们全部被雅典娜封印，而圣斗士也几乎损伤殆尽。 数千年后，圣斗士刚刚结束与海王波塞冬的苦战。遥远的东方，女神的封印失去效力，古塔中的冥斗士又重新蠢蠢欲动。哈迪斯将历次战争中死去的圣斗士复活，撒加、卡妙、米罗这些曾经风光无限的黄金圣斗士，如今披上黑光闪闪冥衣，向他们曾经守护过的圣域发起攻击……
