在本季《超级飞侠》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。 而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
在熙攘的人类世界里，很多妖精隐匿其中，他们与人类相安无事地生活着。猫妖罗小黑因为家园被破坏，开始了它的流浪之旅。这场旅途中惺惺相惜的妖精同类与和谐包容的人类伙伴相继出现，让小黑陷入了两难抉择，究竟何处才是真正的归属？
诸神陨落已久，继承“神祇烙印”的灵能者们退居一隅，普通人们安居乐业，逐渐忘却了那些神明的故事。 少年戚歌过着平凡的生活，可他的命运因为一把神秘黑刀而改写，"灭世魔神"路西法竟寄居在他体内，未知的灵能世界逐渐在他面前展开。 命运会将他引向何方呢？又或者，这命运能否由他自己来主宰？ 曾经的“诸神黄昏”到底为何发生，错综的灵能势力里谁才是真的正义？ 为了掌握自己的命运，戚歌与同伴们一同踏上超越诸神的成长之路……
黑星盟消失后，城市恢复了和平。一宏和朋友们尝试新的融合能量并开始调查陆地上的元珠能力者陆地能力团。某天，陆地能力团攻击了海底宫殿，面对拥有新武器的蛮酷二人组，一宏毫无还击之力。而后，曾前往异次元寻找黑星盟的齐冰洋回来了。变得更强大的齐冰洋一行人决定帮助一宏和朋友们对抗陆地能力团。在黑星皇消失的地球上，陆地能力团企图通过消灭海里的能力者来控制地球。海陆两地的元珠能力者间的战争就此展开！
