2020年，网络对于如今人们的生活而言已经是不可或缺的一部分。但是，人类所不知道的是，在网络的另一面有着一个无限的世界——数码世界，以及居住在其中的数码兽……以首都圈为中心发生了大规模网络故障，乱闪的信号灯、乱码的室外屏幕……新闻上报道是网络恐怖袭击。故事的主人公是住在东京近郊高层公寓的小学五年级生八神太一。为了准备周末的夏令营而一个人留在家中，去涩谷的母亲和妹妹八神光乘上了一辆无法停止的电车。为了救母亲和妹妹，太一急忙赶往涩谷，当他前往车站月台的瞬间发生了不可思议的现象，太一去了数码世界！孩子们与搭档数码兽相遇，一同面对未知的“冒险”！
今天开始就是中学一年级了。将学校中……不对，是世界中的巨人驱逐出去！怀着这样的梦想与希望迎来开学典礼早晨的艾伦，立刻又睡过去了。被青梅竹马的三笠叫起来，在马上就要迟到时才飞奔出家门的艾伦在上学路上疾驰，途中遇到了萨莎、让、康尼等来自其他小学的人们。“这就是进击中学吗”艾伦等人仰望的是高耸入云的巨大墙壁和校门。进入这里的话，开学典礼就近在眼前了。但艾伦并不知道，这所学校有着人类决不能违逆巨人的校规。究竟艾伦能否驱逐巨人？！？
