在昆虫世界里，一群善良的甲虫每日辛劳耕作，建设他们的家园。而在甲虫王国那个最偏僻的山茶村中，却隐藏着一个不为人知的秘密。某天，星仔（赤焰七星）驾着垦泥车开垦自家荒地时，被威龙（乌甲威龙）硬拉上山顶观看一场骑刃王比赛，为了说服对方赔自家的茶树，星仔驾驶垦泥车利用仅剩的3%能量撞翻了对手，但这也让他意外地发现，自己驾驶的垦泥车其实是赤焰家族的家传超级骑刃王——龙战骑。但得知山茶村里有这样一个人之后，狮鹫山庄第一高手钢千翅以及白虎车队队长铠甲神便相继挑战星仔试图分个高下。为了应战，原本想隐瞒事实的赤焰爷爷只得道出实情——星仔的父亲因为驾驶龙战骑比赛而死在了赛场上，而他不希望同样的悲剧和宿命在星仔身上重演，便将龙战骑的外壳卸下，将他伪装成一辆垦泥车，并不许星仔使用它去战斗。他怀着冠军梦想来到大城市，并与钢千翅，铠甲神，苗纹纹组成圣兽队，迎接新的挑战。在成长过程中，他得知一个邪恶科学家为了赢得冠军操纵比赛，团队运用自身神奇力量瓦解了邪恶科学家的阴谋，赢得了总决赛冠军，成为拯救甲虫世界的传奇英雄。
村雨纯夏（高垣彩阳 配音）是一个成绩优异运动万能的高材生，然而，这样完美的她却掩藏了一个惊人的秘密，她所喜欢的人，居然是从中学时代就是好友的风间汐（高本惠 配音）。由于小小的自卑感，纯夏将这样的感情深深的埋藏在了心底，只是默默的守护在风间的身边。 升上了高中后，两人的身边渐渐的聚集了一群有趣的朋友们。无时不刻都在吃东西的鸟追清梨（加藤英美里 配音），外表成熟个性却十分天真的莲贺朋绘（原田美枝子 配音），腹黑毒舌的小萝莉当麻宫子（斋藤千和 配音），沉浸在自己世界里的腐女仓井梓（牧口真幸 配音），少女们成立了“放学后让女孩们开心度过的社团”，快乐有趣的事情每天都在这里上演。
位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。 高中生上条当麻，也是住在学园都市的学生之一。他由于寄宿在右手中的力量——只要是异能之力，就连神的加护都能消除的“幻想杀手（Imagine Breaker）”，而得到吊车尾的“无能力”的评价，过着充满不幸的人生。 而上条的学生生活，由于暑假开始时从天而降的纯白修女而发生了巨大的变化。自从与逃离“魔法”世界的少女——“禁书目录（茵蒂克丝）”相遇开始，上条就被卷入了各种各样的事件当中。在惊险地解决了统率学园都市的“科学”侧和与茵蒂克丝关联的“魔法”侧双方的事件过程中，他的人际关系也逐步扩展。随后，魔法侧的十字教最大宗派罗马正教，终于注意到了上条的存在……。 就像是在呼应魔法侧一样，科学侧的学园都市也开始了行动。但是，为了与突然开始对立的世界变化相抗争，那些因为上条的关系，而使命运大为改变的“英雄”们不断地出现。 就像上条当麻做过的那样，他们也挺身而出与世界对峙。 科学与魔法第三次交织之时，故事将大幅推进！！
剧情简介：故事将从2001年起回溯到18年前。1978年巴莱奥罗格斯作战大败，次年波兰陷落。由于这两个原因，东德在1983年成为欧洲防卫的最前线，炽烈的战火开始蔓延。由于BETA集群的大规模攻势，东德部队的防线陷入了困境。东德的头号战术机甲部队，第666战术机甲中队死亡黑标受命，须以区区8骑的战力去消灭布阵在后方的光线级BETA，以逆转战局。面对数目庞大的BETA，暴雪不断的恶劣天气，以及国家权力施加在自己的头上的重压，被迫在严酷的条件下进行作战，他们的命运将走向何方？
1989年，日本。 乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
在未来世界，人类移民宇宙并成立了「宇宙行星联合」。为监察星球间的贸易和关税，以及打击相关犯罪，特别设立「银河商业关税组织」（Galactic Organization of Trade and Tariffs，简称GOTT）。 ES Member是「Encounter of Shadow work Member」的简称。拥有各种特殊能力的干员，通常由两人一组执行勤务，其特殊能力强弱依序分G、S、C等级。本作的两位主角，艾克莱尔和琉米艾尔就是从属于GOTT的ES Member。 失去部分记忆的主人公・艾克莱尔和拍档・琉米艾尔，在GOTT局长・艾克莉普丝的命令下，为守护银河住民的应有财产与权利而执行着特殊任务。随着故事的推进，艾克莱尔逐渐将记忆取回，同时，这也预示着一个将全银河都卷入的大事件的到来……
