此番的新故事以马林梵多的顶上战争结束后为原点，描绘了失去艾斯并与同伴们分离的岁月里，主人公路飞在鲁斯卡纳岛上修行习得霸气的故事，而西鲁巴兹·雷利、波雅·汉库克、巴基、佩罗娜等角色也将登场亮相。此外，剧中还会出现由尾田新绘制的敌人——恶魔果实持有者班迪·沃尔德。
公元10世纪末期，世界各地出现了只做战争掠夺的最强民族·维京人。被讴歌为最强战士的儿子·托尔芬，自小便生活在战场上，并向往着梦幻大陆“文兰（VINLAND）”—— 这是一个发生在激荡时代的，真正的战士物语。
故事发生在遥远的未来，肆虐的异生兽给人类的安全带来了巨大的困扰，为了抵挡异兽的进攻，日本政府成立了防卫组织TLT，其中，夜袭队拥有着最强大的实力和最强劲的武器，是整个组织内部的中坚力量。 然而，面对经过了进化的新型异生兽，夜袭队亦束手无策，在这个节骨眼上，光之巨人奈克瑟斯奥特曼和它的适能者姫矢准（桐岛优介 饰）出现了。在奈克瑟斯奥特曼创造出的美塔领域中，奥特曼和异兽之间展开了激烈的斗争。孤门一辉（川久保拓司 饰）是TLT里的新进成员，当他目睹了奈克瑟斯奥特曼强大的力量后，开始对奥特曼的起源和姬矢准的神秘过往产生了兴趣。
结城梨斗（渡边明乃 配音）正派开朗，细心友善。一直以来，梨斗都暗恋着青梅竹马西连寺春菜（矢作纱友里 配音），可是，对于恋爱一窍不通的梨斗只是将这份强烈的感情深深的埋藏在心底。终于，梨斗再也无法压抑心中对于春菜的爱意了，再三地鼓起勇气，他决定向春菜表白。 一次偶然中，一位名叫菈菈（户松遥 配音）的女孩从天而降出现在了梨斗的面前，在阴差阳错之间，菈菈竟然成为了梨斗的告白对象，就这样，梨斗和自称是外星公主的菈菈开始了同居生活。也就是从这时开始，杀手暗影（福圆美里 配音）、菈菈的妹妹娜娜（伊藤加奈惠 配音）和梦梦（丰崎爱生 配音）等人接二连三的来到了梨斗的身边。
这个「国家」正隐瞒着什么——自从在“地下”的激战结束后，森罗他们知晓了「传教者」的野心。他们的目的是集合所有「安德拉爆炎」的拥有者，重现贰佰伍拾年前发生的大灾难，毁灭世界。身为安德拉爆炎的拥有者，森罗已被传教者盯上，但他仍在为了阻止传教者的目的而持续行动着。与拥有「安德拉爆炎」的少女相遇，以及，被皇国隐藏起来的，「天照」背后的巨大秘密。因火焰而疯狂，同时又被火焰所引导的少年，正一步步接近真相。
自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除，世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大，为此政府组成了新组织4C，秘密驱除Amazon化的人类。 其中，幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是，变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优，他第一次没有产生“想吃”的想，并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后，作为Sigma型而复活的Amazon。
时间为2138年。曾卷起一大风潮的虚拟现实体感型网络游戏《YGGDRASIL》即将迎来停服。玩家飞鼠在曾经以同伴和荣华自傲的根据地纳萨力克地下大坟墓，独自一人安静等待着那一刻。但是，不料发生了“过了结束时间却还没有登出”的异常事态。NPC们开始以自己的意志行动，不止如此，纳萨力克之外展开了从未见过的异世界。飞鼠为了寻找过去的同伴，以公会名安兹·乌尔·恭自称，决定在异世界扬名立万。他与宣誓绝对忠诚的部下一同，向新的地域进军。
