「在逐渐沉没的世界，我找到了你。」 在近未来，不明原因的海平面上升导致大面积地表被海水淹没。 幼时因意外事故失去了一条腿的少年斑鸠夏生厌倦了城市生活，迁居到了海边的乡村小镇。 他无亲无故，留给他的只有曾属于海洋地质学家的祖母的船和潜水艇，以及债款。 夏生为了取回自己“失去的未来”，潜入大海寻找据说沉睡着祖母遗产的海底仓库。 他在那里找到的，是沉睡在棺材状装置中的神秘少女——亚托莉。 她是几乎与人类无异的，精巧且感情丰富的机器人。 从海底被打捞上来的亚托莉说道。 「我想完成主人留下的最后一道命令。在那之前，我来做夏生的脚！」 在逐渐沉入海中的安宁小镇，少年与机器人少女难以忘怀的夏天开始了——
宫川敦志（置鲇龙太郎 配音）和宫川敦美（钉宫理惠 配音）姐弟两人之间的感情十分深厚。敦志是一个拥有一米八零大高个的小学五年级学生，看起来十分稳健成熟。而敦美已经升入了高中二年级，身高却只有一米三七。 走在外面，敦志和敦美常常会被误认为是兄妹，两人的身高和样貌亦常常闹出不少笑话，实际上，是娇小的敦美一直在保护和照顾的敦志。将敦志误以为是高中生而暗恋着他的沙夜（平野绫 配音），天真单纯的班主任盛山二见（田宫智惠 配音）、敦志暗恋着的同班同学雏（内田彩 配音），这些朋友们围绕在敦志和敦美的周围，在他们最需要帮助的时候伸出援手。
故事发生在架空校园的一个活动室之中，放课后的学生们聚集在一起，就一些虽然平常但又的确引起了困扰的问题展开激烈的讨论。自大的学生会长高千穗千珐（川庄美雪 配音），黄毛不良少年宏哥（阿座上洋平 配音），外形是小兔的理科男兔子（照井春佳 配音），出生于医学世家的黑田君（荒井聡太 配音）等，这些长相和性格各异的同学们能够在学级活动的讨论中达成统一的意见吗？ 虽然每集动画只有短短的5分钟，但例如“为什么在学校里不能用那个？”、“为什么老妈总在讨厌的时间里进入房间？”、“如何称呼自己的母亲？”等类似的问题，却在讨论的过程中变得越来越严肃。而作为观众，也会在不知不觉中对于这些其实非常无聊的问题变得在意起来。
都立日野南高校に通う女子高生、虎視こし虎子とらこ。 ある日の登校中、 彼女は顔に冷たいものが当たるのを感じた。 ふと上を見ると、そこには鼻水をたらし、 ツノが電線に引っかかって 身動きが取れなくなっている女の子が――！？ うっかり変な『ツノ』の生えた 少女・鹿乃子しかのこのこを助けたことで、 優等生（の皮を被った）虎視虎子の人生が かき乱されていく…… 一人の少女（元ヤン）が一人のシカ（？）に出会う ガール・ミーツ・シカ物語開幕！！
