在美国西海岸的中心城市，憧憬着HERO的少年Joey一边打工，一边和祖母二人快乐地生活。某天，Joey捡到了一个破烂机器人玩具并着手修理它，然后为它起名叫“HEROMAN”。之后的某天夜晚，一度强力的闪电击中了Joey家，机器人玩具被雷光包围，化身成一个拥有电击能力的巨大机器人“HEROMAN”。然后，迷之生命体也开始了对地球的侵略。
故事的舞台是互联网系统发达的都市「DEN CITY」。 在那里有经由巨型企业「SOL技术社」通过高度的网络技术构筑而成的被称为「LINK VRAINS」的VR空间。人们都在那个VR空间中为体验到全新的决斗而狂热。可是在「LINK VRAINS」中却出现了利用决斗来进行黑客行为的谜之黑客集团「海诺因骑士团」。而他们的目标是将存在于互联网的某处的“AI们的世界=电子界”毁灭。 然而在世界受到这样的威胁时，有一名决斗者站了出来。而他的名字正是「Playmaker」。 在那场传奇的战斗中，「Playmaker」使用压倒性的决斗将「海诺因骑士团」打倒，成功捕获了「SOL技术社」和「海诺因骑士团」都想要得手的迷之AI程序。一度拯救了世界，然后却突然消声匿迹了，而他的名字就在互联网的世界中一瞬间变得声名远播，成为了传说。 而现在，作为「Playmaker」的正体的某位高中生藤木游作，为了寻找过去发生的某件事件的真相，对再次在「VRAINS」出现的「海诺因骑士团」展开了追击...... 以此为契机，命运的齿轮就此转动…… 迷之AI的真身，「海诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的目的，以及隐藏在游作过去的真相到底是——— 所有的答案，都在「Link Vrains」中
今天，日高佐菜（立花慎之介 配音）回到了曾经居住过的小镇上，他即将在那个充满了欢乐回忆的地方开始新的生活。可是，今日的日高早已不同于往日，曾经饱受欺辱的日子彻底改变了他单纯的性格，更有一道永远无法抹去的伤疤要陪伴日高度过他的余生。 在小镇上，日高遇见了曾经的初恋对象八代菜菜香（小清水亚美 配音），从前活泼可爱的她，如今却变成了少言寡语态度冷淡的傲娇女，这些年究竟发生了什么使得她发生了如此巨大的变化呢？在善于插科打诨的好友若月修辅（子安武人 配音）的陪伴下，日高找回了昔日的快乐时光，但总有一份不安在心中默默的酝酿。日高知道，一场回忆的狂风暴雨即将袭来。
电视剧版《功夫熊猫》集中讲述了熊猫阿宝在成为“神龙大侠”不久后又面对的重重艰难考验，剧情将填补两部电影版《功夫熊猫》之间的空隙，人物设定将沿用电影版，“中国元素”仍将成为其亮点。此外，电视剧版《功夫熊猫》中将出现不少新角色，“他们大都是反派，功夫盖世，对阿宝造成不小的威胁。”
